Professor X wird von Magneto entführt. Beast und Cyclops müssen weitere Mutanten (Jean Grey, Wolverine, Nightcrawler, Storm, Gambit, Iceman & Colossus) in aller Welt einsammeln, um mit vereinten Kräften gegen Magneto anzutreten und den Professor zurückzuholen.
Jeder Mutant besitzt eine einzigartige Fähigkeit, die sowohl seinen Kampfstil ausmacht, als auch bestimmte Interaktionen mit seiner Umgebung erlaubt.
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Beast: Er besitzt die Fähigkeit, mit Hilfe seines Monkeyflips Distanzen schneller als alle anderen Charaktere zurückzulegen.
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Cyclops: Er kann mit Laserstrahlen Dinge aus aus der Distanz in Bewegung setzen.
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Jean Grey: Ihre telekinetischen Kräfte erlauben ihr ebenfalls Interaktionen mit Objekten aus der Ferne.
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Storm: Sie kann über Gewässer und einige Abgründe schweben.
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Wolverine: Mit seinen Krallen kann er einige Hindernisse zerstören und an bestimmten Wänden nach oben klettern.
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Nightcrawler: Er kann über kurze Strecken durch Wände und andere Hindernisse hindurchmorphen.
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Gambit: Mit seinen explosiven Karten kann er bestimmte Versperrungen wie Felsen oder Türen freisprengen.
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Colossus: Seine außergewöhnlichen Kräfte erlauben es ihm schwere Objekte aus dem Weg zu räumen sowie Gitterversperrungen herauszureißen.
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Iceman: Er kann Brücken über Gewässer und Lava bilden sowie einige Hindernisse wie dampfende Rohre durch Vereisung unschädlich machen.